Pozdní podání kontrolního hlášení DPH: kdy nevznikne pokuta a kdy lze odpustit jedno pochybení

Od 1. 1. 2025 se vrací možnost omilostnění u vyšších pokut za opožděné kontrolní hlášení DPH – jednou ročně Vám je finanční úřad může prominout, když o to požádáte. Zároveň platí, že první zpoždění kontrolního hlášení v roce, ať už by pro Vás znamenalo pokutu 1 000 Kč nebo 10 000 Kč, je automaticky bez sankce.

Rychlý přehled pokut za pozdní kontrolní hlášení

Kontrolní hlášení DPH podáváte vždy do 25. dne následujícího měsíce. Může se však stát, že ho někdy podáte pozdě nebo zapomenete úplně, a pak Vám hrozí sankce.

Za pozdní či chybějící kontrolní hlášení Vám finanční správa může udělit fixní pokuty podle závažnosti situace v rozmezí 1 000 Kč až 50 000 Kč. Obecně se výše pokuty za chybné podání řídí těmito pravidly:

• 1 000 Kč: Kontrolní hlášení podáte opožděně sami (bez výzvy finančního úřadu).
• 10 000 Kč: Kontrolní hlášení podáte až po výzvě finančního úřadu a stihnete to v náhradní lhůtě.
• 30 000 Kč: Po výzvě finančního úřadu zareagujete pozdě (jde o změnu, doplnění nebo potvrzení údajů po lhůtě).
• 50 000 Kč: Kontrolní hlášení nepodáte ani po výzvě finančního úřadu.

První drobné pochybení roku je bez pokuty

Zákon pamatuje na lidský faktor. Pokud poprvé v kalendářním roce zmeškáte lhůtu a kontrolní hlášení podáte:

• sami pozdě (pokuta je tisícikoruna), nebo
• až po výzvě a v náhradní lhůtě (sankce deset tisíc),

pokuta nevzniká, což ošetřuje i  zákon o dani z přidané hodnoty v § 101j. Finanční správa pak tuto úpravu potvrzuje v materiálech k novelám pro rok 2023.

Je dobré vědět ještě jednu věc, která v praxi šetří nervy i peníze: pokutu 10 000 Kč nelze uložit, pokud Vám vůbec nevznikla povinnost kontrolní hlášení podat. Tuto logiku potvrdil i Nejvyšší správní soud – bez povinnosti k podání Vás nikdo nemůže penalizovat za pozdě odeslané nebo neodeslané hlášení v režimu „po výzvě“. Pokud tedy máte pochybnost, zda jste byli povinným subjektem, je namístě to správci daně (finančnímu úřadu) jasně namítnout.

Návrat milosti pro vyšší sankce od 1. 1. 2025

V letech 2023 a 2024 dočasně vypadla z praxe možnost tzv. ospravedlnitelných důvodů pro jednorázové prominutí u vyšších pokut.

Od 15. 7. 2025 však GFŘ publikovalo ve Finančním zpravodaji č. 10/2025 dodatek, který vrací možnost prominout jednou ročně pokutu 30 000 Kč nebo 50 000 Kč – ale pouze na Vaši žádost a za splnění stanovených podmínek.

Zároveň správce daně posuzuje, zda Vámi uvedené důvody odpovídají pravidlům v pokynu GFŘ D-29.

Co to znamená v praxi? Pokud nestihnete reagovat a hrozí Vám pokuta 30 000 Kč, nebo dokonce vůbec neodešlete hlášení a dostanete se do režimu pokuty 50 000 Kč, máte nyní znovu možnost využít procesní „záchrannou brzdu“.

Co dělat, když se opozdíte (nebo už přišla výzva)?

1/ Zkontrolujte datovou schránku a text výzvy

Začněte tím nejjednodušším: otevřete si datovou schránku a podívejte se, jaký typ výzvy dorazil.

Právě z něj poznáte, zda se Vás týká „automatická tolerance“ první tisícovky/desetitisícovky v roce, nebo zda už jde o situaci vedoucí k pokutě 30 000 Kč nebo 50 000 Kč.

2/ Jednejte v uvedených lhůtách

U pokuty do 10 000 Kč jednejte v náhradní lhůtě, kterou najdete ve výzvě FÚ. Pokud jste neměli povinnost kontrolního hlášení, uveďte to v reakci – v tom případě pokuta 10 000 Kč nevzniká.

U pokut 30 000 Kč / 50 000 Kč podejte co nejdříve následné kontrolní hlášení a připravte žádost o prominutí sankce (do 3 měsíců od nabytí právní moci platebního výměru). Přiložte důvody (ospravedlnitelné důvody dle pokynu GFŘ D-29) a zaplaťte správní poplatek 1 000 Kč.

3/ Na textu žádosti o prominutí penále si dejte záležet

Jak už bylo zmíněno, pokyn D-29 říká, že úleva neplatí pro liknavost – argumentujte konkrétními okolnostmi (technické výpadky, zdravotní důvody).

Vyplatí se k uvedeným důvodům přiložit podklady: potvrzení lékaře, servisní protokoly, kredibilní potvrzení o IT výpadku, záznamy z Vašich vlastních systémů (například účetního softwaru, serveru nebo firemní aplikace).

Jak intenzivně probíhají kontroly finančního úřadu?

Abyste si udělali lepší představu o tom, jak často finanční úřad provádí kontroly, pojďme se podívat na pár čísel z roku 2024:

• Ukončeno bylo 9 757 daňových kontrol (meziročně lehký nárůst).
• Z toho se zaměřilo 5 779 kontrol na DPH a 1 653 kontrol na daň z příjmů právnických osob (DPPO).

V praxi se kontroly FÚ dlouhodobě točí hlavně kolem:

• nároku na odpočet DPH,
• intrakomunitárních obchodů (obchody mezi firmami z různých členských států EU),
• transferových cen (ceny, za které mezi sebou obchodují propojené osoby nebo firmy),
• nezahrnutých výnosů,
• odpočtu na výzkum a vývoj.

Z toho plyne jasný závěr: pokud Vám procesy kolem DPH nefungují na „první dobrou“, pravděpodobnost, že jednou narazíte, není zanedbatelná. A když už k přešlapu dojde, rychlá náprava a správný postup výrazně snižují riziko, že penále nakonec zaplatíte.

Chcete se podobným pokutám vyhnout?

Začít můžete jednoduchým, ale efektivním nástrojem: interním checklistem pro uzávěrku. Jasně v něm vyznačte, kdo co dělá a do kdy, například:

• kdo připravuje podklady
• kdo hlídá evidenci DPH
• kdo odesílá kontrolní hlášení

Pokud k tomu přidáte vnitřní harmonogram s rezervou třeba den před oficiálním termínem podání (25. den), budete krytí i při drobných krizích.

Je důležité mít také technicky zajištěný záložní přístup – ať už jde o účetní software, daňový portál finanční správy nebo datovou schránku. Pokud Vás postihne technický problém nebo výpadek aplikace (třeba serveru nebo informačního systému), je užitečné mít ověřený způsob, jak se dostat k datům a jejich odeslání; může to být rozhodující pro případnou žádost o prominutí pokuty.

Výpadek dat či technický problém bývá akceptován jako ospravedlnitelný důvod, musíte však být schopni doložit, že jste postupovali zodpovědně a aktivně.

S daňovou problematikou Vám rádi pomůžeme

Pokud nám svěříte kompletní daňovou či účetní agendu, získáte jistotu, že všechny povinnosti – od včasného odesílání kontrolních hlášení přes podání daňových přiznání až po případnou přípravu žádosti o prominutí pokuty – splníme správně a včas. Díky tomu se vyhnete zbytečným sankcím a rizikům pro své cash-flow a můžete se naplno soustředit na své podnikání.

Ozvěte se nám – navrhneme postup podle Vaší situace, našich aktuálních kapacit a vyřešíme daňovou administrativu za Vás.

Kontaktní informace

Napište nám a my se Vám
ozveme do 24 hodin.

+420 226 224 724

info@jake-james.cz

Revoluční 736/15, Praha 1

Sledujte nás:

Jméno

Příjmení

Telefonní číslo

E-mail

Zpráva

Souhlasím se zpracováním osobních údajů

Tuto stránku chrání služba reCAPTCHA a vztahují se na ni Zásady ochrany soukromí a Smluvní podmínky společnosti Google.

Odeslat